Der Stadtrechnungshof Wien, der weisungsfrei und unabhängig handelt, hat aufgrund der Größe und der Beteiligungen der Stadt Wien ein breites Prüfungsspektrum im Bereich der Gebarung und Sicherheit. Zusätzlich werden jährlich im Förderungswesen ein bis zwei Großprojekte seitens des Stadtrechnungshofes Wien geprüft, wobei der Fokus auf einer flächendeckenden Erfassung aller Prüfstellen liegt.
Für diese Aufgabe stehen jedoch nur begrenzt Ressourcen zur Verfügung. Daher entwickelte der Stadtrechnungshof Wien ein Auswahlverfahren für Prüfungen in Form einer Risikoanalyse, um Prüfungsschwerpunkte setzen zu können. Die Bewertung, welche Prüfstelle für eine Prüfung herangezogen wird, erfolgt durch eine Risikomatrix. In dieser werden viele Bereiche in Form von Geschäftsfeldern zusammengefasst, die wiederum mittels Stichproben und Kennzahlen u.a. auch nach den Aspekten der Prüfungsintervalle bewertet werden. Diese Beurteilung erfolgt über ein sogenanntes Ampelsystem und trägt maßgeblich zur internen Prüfungsthemenauswahl bei.
Der Stadtrechnungshof Wien ist ferner verfassungsgesetzlich verpflichtet, auf Beschluss des Gemeinderates, des Stadtrechnungshofausschusses, auf Ersuchen der Bürgermeisterin bzw. des Bürgermeisters sowie für den Bereich seiner Geschäftsgruppe auf Ersuchen einer amtsführenden Stadträtin bzw. eines amtsführenden Stadtrats Prüfungsersuchen von Gebarungs- und Sicherheitsprüfungen durchzuführen. Zudem besteht die Verpflichtung, auch Prüfungsersuchen von 13 Abgeordneten sowie Prüfungsinitiativen von politischen Parteien mit Klubstatus zu berücksichtigen. Darüber hinaus werden auch Anliegen von Bürgerinnen und Bürgern evaluiert, sowie eigene Wahrnehmungen des Stadtrechnungshofes Wien berücksichtigt.
In weiterer Folge stimmt der Stadtrechnungshof Wien sein Jahresprüfungsprogramm mit den Internen Revisionen des Magistrats der Stadt Wien, der Unternehmung Wiener Gesundheitsverbund, Wiener Wohnen, Wien Kanal, den Beteiligungen der Stadt Wien sowie mit dem Rechnungshof ab, um Überschneidungen hinsichtlich von Prüfungen zu vermeiden.